1．低湿度导致的健康问题：
无尘无菌净化室环境严格控制湿度（相对湿度55±5%），导致工作人员可能长期暴露在与外界大气湿度相差很大的干燥工作环境中，可能在一定程度上影响人体水分生理调节。
研究结果显示在无尘室工作一段时间的工人与新进员工相比，其干眼症状（眼球表面发生水分蒸发过速）与眼球泪液分泌功能明显降低。推测原因可能为无尘室与一般工作场所的湿度相差过大有关，导致人体暴露部分水分蒸发加速，除干眼症外，脸部与四肢皮肤长期受影响也会发生干燥性皮肤炎。其他研究也发现，低湿度环境下长时间工作，特异性皮肤炎的罹患率明显较高。部分产业如锂电池及制药业使用湿度更低的干燥室（相对湿度低于10%）则其健康影响更明显。
2．手套使用导致的手部接触性皮肤炎：
工作人员在无尘室内工作需佩戴特制的手套，其常用材质为PVC，少部分为乳胶手套。由于手套与皮肤密切接触，长期或定期使用，导致一些工人出现反复接触性皮肤炎，短期虽可并用棉质手套克服，但慢性接触性皮肤炎仍难避免,使用丁腈手套可以有效避免这种反应.
3．工效学相关的健康问题：
在无尘室内作业的劳动者，一般采用四班二轮制（12小时为一班），连续工作二天后连续休息二天，工作时必须穿戴防尘衣帽。虽每2小时休息20分钟，因穿脱全身式无尘衣帽很不方便，部分女性工人可能以少喝水及少上厕所来应对，长期下来较易罹患尿路感染。
4 ．其他问题：
研究报告显示，在半导体业及光电产业黄光区工作的作业人员，他们的色彩辨识能力在短时期会受到影响。研究结果发现不同光源下，受测者的颜色辨识能力会产生明显差异，不同人的辨识能力也会有差异存在。受测者在黄光下平均错误分数为263.88，远大于白光之12.92。同时，在黄光下，对于黄绿、绿、蓝绿、蓝色、紫色及红色等辨识能力有一定的减弱，但恢复正常白光环境则可恢复正常辨色力。这种特殊照明环境对辨色力是否有长期影响尚待进一步研究。
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